A AAEA surgiu de uma iniciativa destinada a promover e institucionalizar o profissionalismo das autoridades eleitorais africanas através de intercâmbios regionais e do trabalho em rede. A Associação foi criada na sequência de um colóquio das autoridades eleitorais africanas realizado em Victoria Falls, no Zimbábue, em novembro de 1994. No final dessa reunião, os participantes criaram um grupo de trabalho encarregado de estudar a viabilidade da criação de uma associação que reunisse os administradores eleitorais africanos e as ONG ativas no domínio eleitoral.
O grupo de trabalho elaborou um projeto de carta e analisou-o numa reunião na Cidade do Cabo em 1995, e posteriormente em Windhoek em 1996. Uma conferência inaugural da AAEA realizou-se de 14 a 16 de janeiro de 1997 em Kampala, no Uganda. A conferência reuniu administradores eleitorais e dirigentes de organizações não governamentais da África Subsariana, bem como especialistas internacionais em eleições. Os participantes revisaram e aprovaram a Carta, marcando assim a criação oficial da Associação.
Os participantes na reunião de Kampala nomearam o Dr. Amare Tekle, da Eritreia, como secretário executivo interino da AAEA. Um secretariado executivo interino foi estabelecido em Asmara, na Eritreia, em 1997. A reunião inaugural da Assembleia Geral da AAEA realizou-se de 13 a 15 de agosto de 1998 em Acra, no Gana. Reuniu autoridades eleitorais e dirigentes de ONG da África Subsariana. Aqui estão os membros fundadores da AAEA: Benim, Burquina Faso, República Centro-Africana, Gabão, Gana, Gâmbia, Guiné, Quénia, Lesoto, Libéria, Mali, Senegal, Togo, Uganda e Zimbábue.
No final da Assembleia Geral realizada no Gana em março de 2025, a AAEA elegeu um novo presidente da Assembleia da Associação das Autoridades Eleitorais Africanas (AAEA), bem como um novo comité executivo. A presidência é assegurada pela Comissão Eleitoral do Gana, e os trabalhos da Assembleia são apoiados por um comité executivo composto por representantes das comissões eleitorais do Benim, da Etiópia, da República Democrática do Congo (RDC) e da Líbia. Esta estrutura de governação garante o equilíbrio regional e a apropriação coletiva, assegurando simultaneamente a orientação estratégica e a supervisão das atividades da Associação em todo o continente.