L'AAEA est née d'une initiative visant à promouvoir et à institutionnaliser le professionnalisme des autorités électorales africaines par le biais d'échanges régionaux et de la mise en réseau. L'Association a vu le jour à la suite d'un colloque des autorités électorales africaines qui s'est tenu à Victoria Falls, au Zimbabwe, en novembre 1994. À l'issue de cette réunion, les participants ont mis en place un groupe de travail chargé d'étudier la faisabilité de la création d'une association regroupant les administrateurs électoraux africains et les ONG actives dans le domaine électoral.
Le groupe de travail a élaboré un projet de charte et l'a examiné lors d'une réunion au Cap en 1995, puis à Windhoek en 1996. Une conférence inaugurale de l'AAEA s'est tenue du 14 au 16 janvier 1997 à Kampala, en Ouganda. La conférence a réuni des administrateurs électoraux et des dirigeants d'organisations non gouvernementales d'Afrique subsaharienne, ainsi que des spécialistes internationaux des élections. Les participants ont révisé et approuvé la Charte, marquant ainsi la création officielle de l’Association.
Les participants à la réunion de Kampala ont désigné le Dr Amare Tekle, d’Érythrée, comme secrétaire exécutif par intérim de l’AAEA. Un secrétariat exécutif par intérim a été établi à Asmara, en Érythrée, en 1997. La réunion inaugurale de l'Assemblée générale de l'AAEA s'est tenue du 13 au 15 août 1998 à Accra, au Ghana. Elle a réuni des autorités électorales et des dirigeants d'ONG d'Afrique subsaharienne. Voici les membres fondateurs de l'AAEA : Bénin, Burkina Faso, République centrafricaine, Gabon, Ghana, Gambie, Guinée, Kenya, Lesotho, Libéria, Mali, Sénégal, Togo, Ouganda et Zimbabwe.
À l'issue de l'Assemblée générale qui s'est tenue au Ghana en mars 2025, l'AAEA a élu un nouveau président de l'Assemblée de l'Association des autorités électorales africaines (AAEA) ainsi qu'un nouveau comité exécutif. La présidence est assurée par la Commission électorale du Ghana, et les travaux de l'Assemblée sont soutenus par un comité exécutif composé de représentants des commissions électorales du Bénin, de l'Éthiopie, de la République démocratique du Congo (RDC) et de la Libye. Cette structure de gouvernance garantit l'équilibre régional et l'appropriation collective, tout en assurant l'orientation stratégique et la supervision des activités de l'Association à travers le continent.