O Comité Executivo é o principal órgão de direção responsável por garantir a implementação das decisões adotadas pela Assembleia Geral e por supervisionar a gestão estratégica quotidiana da Associação. Responsável perante a Assembleia Geral, é composto pelo presidente, pelo vice-presidente e por cinco membros eleitos pela Assembleia para representar as diferentes regiões do continente africano. O Comité Executivo assegura a ligação operacional entre a Assembleia Geral e o Secretariado, traduzindo as políticas e resoluções da Associação em ações concretas. As suas responsabilidades consistem, nomeadamente, em examinar as questões que lhe são submetidas pela Assembleia Geral e formular recomendações a esse respeito, analisar as propostas apresentadas pelos membros e pelo Secretariado e supervisionar a implementação das decisões adotadas. Além disso, o Comité exerce importantes funções de controlo financeiro e administrativo, aprovando o orçamento anual da Associação, analisando os relatórios de auditoria, aprovando o regulamento interno do Secretariado e implementando mecanismos de acompanhamento da sua gestão financeira. Reunindo-se pelo menos uma vez por ano, com a possibilidade de sessões extraordinárias convocadas pelo Presidente, o Comité Executivo desempenha um papel central para garantir a governação eficaz, a responsabilidade e a continuidade institucional da Associação.