اللجنة التنفيذية هي الجهاز التوجيهي الرئيسي المكلف بضمان تنفيذ القرارات التي تتخذها الجمعية العامة والإشراف على الإدارة الاستراتيجية اليومية للجمعية. وهي مسؤولة أمام الجمعية العامة، وتتألف من الرئيس ونائب الرئيس وخمسة أعضاء تنتخبهم الجمعية لتمثيل مختلف مناطق القارة الأفريقية. يضمن اللجنة التنفيذية الربط العملي بين الجمعية العامة والأمانة العامة، من خلال ترجمة سياسات وقرارات الجمعية إلى إجراءات ملموسة. وتشمل مسؤولياتها على وجه الخصوص دراسة القضايا التي تحال إليها من قبل الجمعية العامة وتقديم توصيات بشأنها، ودراسة المقترحات المقدمة من الأعضاء والأمانة العامة، والإشراف على تنفيذ القرارات المعتمدة. بالإضافة إلى ذلك، تضطلع اللجنة بمهام مهمة في مجال الرقابة المالية والإدارية من خلال الموافقة على الميزانية السنوية للجمعية، ودراسة تقارير التدقيق، والموافقة على اللائحة الداخلية للأمانة العامة، ووضع آليات لمتابعة إدارتها المالية. ويجتمع اللجنة التنفيذية مرة واحدة على الأقل سنويًّا، مع إمكانية عقد جلسات استثنائية يدعو إليها الرئيس، وتؤدي دورًا محوريًّا في ضمان الحوكمة الفعالة والمساءلة والاستمرارية المؤسسية للجمعية.