La Charte a été élaborée à l’issue de consultations entre les organismes africains de gestion électorale qui se sont tenues au Cap, en Afrique du Sud, en 1995, et à Windhoek, en Namibie, en 1996. Elle a été officiellement adoptée lors de la conférence inaugurale de l’AAEA qui s’est tenue à Kampala, en Ouganda, du 14 au 16 janvier 1997, établissant ainsi officiellement l’Association en tant qu’organisation continentale, indépendante et apolitique, vouée à la promotion d’élections crédibles, pacifiques et démocratiques à travers l’Afrique.
La Charte définit les objectifs, les principes et la structure de gouvernance de l’Association, tout en établissant ses principaux organes : l’Assemblée générale, le Comité exécutif et le Secrétariat. Elle énonce également les droits et les responsabilités des autorités électorales membres, encourage la coopération et la consultation entre les institutions électorales africaines et fournit un cadre commun pour l’assistance électorale, la résolution des conflits, la réforme électorale et la collaboration avec les partenaires régionaux et internationaux.